Preprintit julki – missä ja miksi? | Preprint archives – what and why?

(Please, scroll down to read in English.)

Niin sanottuja preprinttejä ​(tai Submitted Version under Review) eli tieteellisen artikkelin kustantajille lähetettyjä käsikirjoitusversioita, joita ei ole vielä vertaisarvioitu, saataville tarjoavat palvelut ovat nyt nousseet suosioon tieteellisessä julkaisutoiminnassa. Vakiintunut matematiikan, fysiikan ja lähialojen arXiv tosin aloitti jo vuonna 1991. Terveystieteiden MedRxiv taas taitaa olla uusimpia.

Preprinttien julkaiseminen on yksi avoimen julkaisemisen muodoista. Esimerkiksi COVID-19-pandemia on tilanne, jossa tutkimustuloksia jaetaan avoimesti ja niihin toivotaan pikaisia kommentteja, kun tutkijat kaikkialla maailmassa pyrkivät ratkomaan virukseen ja sen aiheuttamaan tautiin liittyviä haasteita.

Preprint-arkistojen käyttö ei kuitenkaan rajoitu vain kriisitilanteisiin, vaan kyse on yksinkertaisesti online-julkaisuarkistoista, joihin voi lähettää tieteellisiä julkaisuja, joita ei vielä ole vertaisarvioitu perinteisissä akateemisissa lehdissä.

Artikkelit seulotaan ja tarkistetaan mm. plagioinnin varalta. Preprint voi olla esimerkiksi konferenssiesitelmä, sillä joillain aloilla julkaisun nopeus on oleellisinta ja preprint-arkiston osoitteella niihin voi viitata. Preprinttejä voi kommentoida ja monet pitävät niitä oivana tapana jakaa ja vastaanottaa palautetta meneillään olevista töistä.

Suosittuja preprint-arkistoja:

  • arXiv – matematiikka, fysiikka, tietojenkäsittelytiede ym.
  • BioRxiv – biologia
  • ChemRxiv – kemia
  • Figshare – monialainen, myös muuta kuin preprinttejä, esim. esitelmiä, tutkimusdataa, postereita
  • MedRxiv – lääke- ja terveystieteet
  • OSF Preprints – monialainen portaali, joka kokoaa eri tieteenalojen preprint-arkistoja
  • PsyArXiv – psykologia
  • PeerJ Preprints – biologia, lääketiede, tietojenkäsittelytiede, kemia ym.
  • RePEc – kauppa- ja taloustieteet
  • SocArXiv – yhteiskuntatieteet
  • Zenodo – monialainen, myös muuta kuin preprinttejä, esim. tutkimusdataa

Preprintit ovat nopeasti kasvava osa tieteellistä viestintää. Monien tutkijoiden mielestä perinteinen vertaisarviointiprosessi kestää liian kauan ja viivästyttää tärkeiden tutkimustulosten levittämistä. Altmetriikan avulla seurataan, mistä juuri nyt puhutaan ja kirjoitetaan, jolloin nopeus on etu. Preprint voi tuoda julkaisulle enemmän lukijoita ja viittauksia julkaisulle. Preprint-julkaisemisen etuihin kuuluvat siis ainakin varhainen palaute ja tutkimuksen lisääntyvä näkyvyys.

Rahoittajista esimerkiksi US National Institutes of Health ja Wellcome Trust hyväksyvät preprintit apurahahakemuksissa, mutta Opetus- ja kulttuuriministeriön linjauksen mukaan vertaisarvioimattomia käsikirjoituksia ei raportointivaiheessa lueta avoimiksi julkaisuiksi eli OKM edellyttää julkaisun olevan vertaisarvioitu.

Sana preprint kuvan keskellä. Siitä nuolia ympärillä oleviin symboleihin: nimilappu, kello, lamppu, ketjun lenkki, puhekuplat, megafoni, maapallo, todistus, avoin lukko, idea. Word preprint in the middle. From that arrows to symbols: name tag, clock, lamp, chain ring, speech bubbles, megaphone, globe, certificate, open lock, idea.

Services providing access to Preprints or Submitted Versions under Review, i.e. manuscripts of scientific articles, sent to publishers but not yet peer-reviewed, have recently become popular in scientific publishing. However, the well-established arXiv of mathematics, physics and other related fields has been operating since 1991. In contrast, the health sciences’ MedRxiv is one of the newest ones.

Preprints are a form of open access publishing. For example, the COVID-19 pandemic has prompted scientists to openly share their findings, hoping for quick comments, as researchers around the globe are trying to solve the problems connected to the virus and the disease it causes.

But the use of preprint repositories is not limited to just crisis situations. Instead, they are online publishing archives where scientific publications can be submitted before they have been peer-reviewed in traditional academic journals.

The articles are screened and checked for plagiarism, among other things. A preprint can be a conference presentation, for example, since in some fields swift publication is key and a preprint archive address allows the citation of these articles. Preprints can be commented on, and many believe they are a great way of sharing and receiving feedback on work still in progress.

Popular preprint repositories include:

  • arXiv – mathematics, physics, computer science, etc.
  • BioRxiv – biology
  • ChemRxiv – chemistry
  • Figshare – a multi-field archive that also contains other material, such as presentations, research data and posters
  • MedRxiv – medicine and health sciences
  • OSF Preprints – a multi-field portal that gathers preprint archives from different fields
  • PsyArXiv – psychology
  • PeerJ Preprints – biology, medicine, computer science, chemistry, etc.
  • RePEc – economics and managerial economics
  • SocArXiv – social sciences
  • Zenodo – a multi-field archive that also contains other material, such as research data

Preprints are a fast-growing part of scientific communications. Many researchers believe that the traditional peer review process is too time-consuming and delays the distribution of important research findings. Altmetrics help users keep track of what is currently being discussed and written about, making speed an asset. Preprints can also attract more readers and citations, and early feedback and increased visibility are among the benefits of this publication form.

Funders including the National Institutes of Health in the US and the Wellcome Trust in the UK accept preprints in grant applications. However, according to the Finnish Ministry of Education and Culture’s policy, manuscripts that have not been peer-reviewed are not considered open access publications in reporting, i.e. the Ministry accepts only peer-reviewed publications.

Tuulevi Ovaska, erityistietoasiantuntija | information specialist
Opetus- ja tietopalvelut | Training and Information Services

Etsitkö eri maiden hoitosuosituksia? | Looking for clinical guidelines in other countries?

(Please, scroll down to read in English.)

Suomalaisten hoitosuositusten lähde on luonnollisesti Käypä hoito. Käypä hoito -suositukset ovat kansallisia, riippumattomia, tutkimusnäyttöön perustuvia hoitosuosituksia. Hiljattain Terveysportin Lääkärin tietokantoihin on alettu luoda Hoitosuositukset ja -ohjeet -tietokantaa muille kansallisille suosituksille. Lisäksi Suomessa Hotus (Hoitotyön tutkimussäätiö) koordinoi ja julkaisee tutkimusnäyttöön perustuvia hoitosuosituksia sosiaali- ja terveydenhuollossa käytettävien menetelmien vaikuttavuudesta, käyttökelpoisuudesta ja tarkoituksenmukaisuudesta sekä niiden merkityksellisyydestä hoitoa tarvitsevalle ja hänen läheisilleen.

Mutta miten löydät hoitosuosituksia muista maista? Voit hyödyntää seuraavia palveluita.

DynaMed Plus

DynaMed Plus sisältyy Suomessa Terveysportti-sopimuksiin, joten pääset sinne joko UEF-Primon tai Terveysportin kautta. Palvelu on EBSCOn laaja kliinikon työkalu, josssa on näyttöön perustuvaa, päivittäin päivitettävää tietoa terveydenhuollon päätöksenteon tueksi. Löydät eri maiden hoitosuosituksia yksinkertaisesti hakemalla aihettasi kuvaavilla sanoilla ja sanalla guideline. Mukana on suosituksia länsimaiden lisäksi myös Aasiasta.

Trip

Tripin suppea versio on vapaasti verkossa. Voit hakea tavallisessa hakukentässä tai käyttää haussa PICO-asetelmaa. Maksullisessa Pro-versiossa on enemmän ominaisuuksia. Trip-tietokanta kokoaa näyttöön perustuvan lääketieteen tiedonlähteitä, mm. systemaattisia katsauksia, eri maiden hoitosuosituksia, kuvia, videoita, potilasohjeita, koulutusmateriaalia ja uutisia. Näytön astetta kuvataan pyramidilla, jonka huipulle suositukset asettuvat. Näet siis helposti, onko julkaisu hoitosuositus. Voit myös rajata tuloksen vain niihin tai pelkästään tietyn maan tai alueen suosituksiin.

Joidenkin maiden omat suositukset

Voit myös hakea muiden maiden omilta hoitosuositussivuilta kultakin erikseen, esimerkiksi:

Myös avoimet julkaisuarkistot PMC (eli PubMed Central) ja PMC Europe ovat kokeilemisen arvoisia.

  • PMC on bio- ja terveystieteiden julkaisuarkisto, jota ylläpitää NLM (National Library of Medicine, USA).
  • Europe PMC on avoin bio- ja terveystieteiden julkaisuarkisto, jota ylläpitää EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute). PubMed Centralin viitteiden lisäksi tietokannassa on mm. patentteja ja NHS:n (UK National Health Service) hoitosuosituksia.

Tietenkin vanha tuttu PubMed auttaa myös. Tee haku ja rajaa julkaisutyypillä Guideline tai suppeammalla Practice Guideline – nämä tulevat mukaan mukaan Guideline-rajauksella, joten molempia ei tarvita.

Valkotakki, kertakäyttöhanska, käsi, kynä, kirjoitusalusta. White coat, blue rubber glove, hand, pen, writing pad.
Kuva | Photo: Chokniti Khongchum, Pixabay

The source of Finnish Current Care Guidelines is naturally Käypä hoito. They are national, independent, evidence-based clinical practice guidelines that cover important issues related to Finnish health, medical treatment as well as prevention of diseases. In addition, in Finland, Hotus (Nursing Research Foundation) coordinates and publishes evidence-based guidelines (in Finnish only) on the effectiveness, usefulness and appropriateness of methods used in social and health care and their relevance to those in need.

But how to the find clinical guidelines of other countries? You can use these services:

DynaMed Plus

DynaMed Plus is included in Terveysportti. You can access it there or via UEF-Primo. It is a clinical decision support tool for clinicians. Conclusions are based on the best available evidence and the content is frequently updated. Search for guidelines simply with your keywords and the term ‘guideline’. DynaMed Plus also includes guidelines from Asia.

Trip

Trip is a clinical search engine designed to allow users to quickly and easily find and use high-quality research evidence to support their practice and/or care. The open access version does not include all features. Search in the basic search box or try the PICO search. The pyramid icon describes the level of evidence and guidelines are at the top. You can easily see if the publication is a guideline or limit to guidelines only, even the guidelines of one country or region.

Guidelines of some countries

You can also search the guidelines of each country separately, for example:

Also open archives PMC (PubMed Central) and Europe PMC are worth trying.

  • PMC (PubMed Central®) is a free full-text archive of biomedical and life sciences journal literature at the U.S. National Institutes of Health’s National Library of Medicine (NIH/NLM).
  • Europe PMC is an open science platform that enables access to a worldwide collection of life science publications and preprints from trusted sources around the globe. Europe PMC is developed by EMBL-EBI. It is a partner of PubMed Central and a repository of choice for many international science funders.

Of course you can always use PubMed. Make a search and filter with the publication type Guideline or narrower Practice Guideline – these are included in the Guideline limit so both are not necessary.

Tuulevi Ovaska
erityistietoasiantuntija | Information Specialist
Opetus- ja tietopalvelut | Training & Information Services