Preprintit julki – missä ja miksi? | Preprint archives – what and why?

(Please, scroll down to read in English.)

Niin sanottuja preprinttejä ​(tai Submitted Version under Review) eli tieteellisen artikkelin kustantajille lähetettyjä käsikirjoitusversioita, joita ei ole vielä vertaisarvioitu, saataville tarjoavat palvelut ovat nyt nousseet suosioon tieteellisessä julkaisutoiminnassa. Vakiintunut matematiikan, fysiikan ja lähialojen arXiv tosin aloitti jo vuonna 1991. Terveystieteiden MedRxiv taas taitaa olla uusimpia.

Preprinttien julkaiseminen on yksi avoimen julkaisemisen muodoista. Esimerkiksi COVID-19-pandemia on tilanne, jossa tutkimustuloksia jaetaan avoimesti ja niihin toivotaan pikaisia kommentteja, kun tutkijat kaikkialla maailmassa pyrkivät ratkomaan virukseen ja sen aiheuttamaan tautiin liittyviä haasteita.

Preprint-arkistojen käyttö ei kuitenkaan rajoitu vain kriisitilanteisiin, vaan kyse on yksinkertaisesti online-julkaisuarkistoista, joihin voi lähettää tieteellisiä julkaisuja, joita ei vielä ole vertaisarvioitu perinteisissä akateemisissa lehdissä.

Artikkelit seulotaan ja tarkistetaan mm. plagioinnin varalta. Preprint voi olla esimerkiksi konferenssiesitelmä, sillä joillain aloilla julkaisun nopeus on oleellisinta ja preprint-arkiston osoitteella niihin voi viitata. Preprinttejä voi kommentoida ja monet pitävät niitä oivana tapana jakaa ja vastaanottaa palautetta meneillään olevista töistä.

Suosittuja preprint-arkistoja:

  • arXiv – matematiikka, fysiikka, tietojenkäsittelytiede ym.
  • BioRxiv – biologia
  • ChemRxiv – kemia
  • Figshare – monialainen, myös muuta kuin preprinttejä, esim. esitelmiä, tutkimusdataa, postereita
  • MedRxiv – lääke- ja terveystieteet
  • OSF Preprints – monialainen portaali, joka kokoaa eri tieteenalojen preprint-arkistoja
  • PsyArXiv – psykologia
  • PeerJ Preprints – biologia, lääketiede, tietojenkäsittelytiede, kemia ym.
  • RePEc – kauppa- ja taloustieteet
  • SocArXiv – yhteiskuntatieteet
  • Zenodo – monialainen, myös muuta kuin preprinttejä, esim. tutkimusdataa

Preprintit ovat nopeasti kasvava osa tieteellistä viestintää. Monien tutkijoiden mielestä perinteinen vertaisarviointiprosessi kestää liian kauan ja viivästyttää tärkeiden tutkimustulosten levittämistä. Altmetriikan avulla seurataan, mistä juuri nyt puhutaan ja kirjoitetaan, jolloin nopeus on etu. Preprint voi tuoda julkaisulle enemmän lukijoita ja viittauksia julkaisulle. Preprint-julkaisemisen etuihin kuuluvat siis ainakin varhainen palaute ja tutkimuksen lisääntyvä näkyvyys.

Rahoittajista esimerkiksi US National Institutes of Health ja Wellcome Trust hyväksyvät preprintit apurahahakemuksissa, mutta Opetus- ja kulttuuriministeriön linjauksen mukaan vertaisarvioimattomia käsikirjoituksia ei raportointivaiheessa lueta avoimiksi julkaisuiksi eli OKM edellyttää julkaisun olevan vertaisarvioitu.

Sana preprint kuvan keskellä. Siitä nuolia ympärillä oleviin symboleihin: nimilappu, kello, lamppu, ketjun lenkki, puhekuplat, megafoni, maapallo, todistus, avoin lukko, idea. Word preprint in the middle. From that arrows to symbols: name tag, clock, lamp, chain ring, speech bubbles, megaphone, globe, certificate, open lock, idea.

Services providing access to Preprints or Submitted Versions under Review, i.e. manuscripts of scientific articles, sent to publishers but not yet peer-reviewed, have recently become popular in scientific publishing. However, the well-established arXiv of mathematics, physics and other related fields has been operating since 1991. In contrast, the health sciences’ MedRxiv is one of the newest ones.

Preprints are a form of open access publishing. For example, the COVID-19 pandemic has prompted scientists to openly share their findings, hoping for quick comments, as researchers around the globe are trying to solve the problems connected to the virus and the disease it causes.

But the use of preprint repositories is not limited to just crisis situations. Instead, they are online publishing archives where scientific publications can be submitted before they have been peer-reviewed in traditional academic journals.

The articles are screened and checked for plagiarism, among other things. A preprint can be a conference presentation, for example, since in some fields swift publication is key and a preprint archive address allows the citation of these articles. Preprints can be commented on, and many believe they are a great way of sharing and receiving feedback on work still in progress.

Popular preprint repositories include:

  • arXiv – mathematics, physics, computer science, etc.
  • BioRxiv – biology
  • ChemRxiv – chemistry
  • Figshare – a multi-field archive that also contains other material, such as presentations, research data and posters
  • MedRxiv – medicine and health sciences
  • OSF Preprints – a multi-field portal that gathers preprint archives from different fields
  • PsyArXiv – psychology
  • PeerJ Preprints – biology, medicine, computer science, chemistry, etc.
  • RePEc – economics and managerial economics
  • SocArXiv – social sciences
  • Zenodo – a multi-field archive that also contains other material, such as research data

Preprints are a fast-growing part of scientific communications. Many researchers believe that the traditional peer review process is too time-consuming and delays the distribution of important research findings. Altmetrics help users keep track of what is currently being discussed and written about, making speed an asset. Preprints can also attract more readers and citations, and early feedback and increased visibility are among the benefits of this publication form.

Funders including the National Institutes of Health in the US and the Wellcome Trust in the UK accept preprints in grant applications. However, according to the Finnish Ministry of Education and Culture’s policy, manuscripts that have not been peer-reviewed are not considered open access publications in reporting, i.e. the Ministry accepts only peer-reviewed publications.

Tuulevi Ovaska, erityistietoasiantuntija | information specialist
Opetus- ja tietopalvelut | Training and Information Services

Etsitkö eri maiden hoitosuosituksia? | Looking for clinical guidelines in other countries?

(Please, scroll down to read in English.)

Suomalaisten hoitosuositusten lähde on luonnollisesti Käypä hoito. Käypä hoito -suositukset ovat kansallisia, riippumattomia, tutkimusnäyttöön perustuvia hoitosuosituksia. Hiljattain Terveysportin Lääkärin tietokantoihin on alettu luoda Hoitosuositukset ja -ohjeet -tietokantaa muille kansallisille suosituksille. Lisäksi Suomessa Hotus (Hoitotyön tutkimussäätiö) koordinoi ja julkaisee tutkimusnäyttöön perustuvia hoitosuosituksia sosiaali- ja terveydenhuollossa käytettävien menetelmien vaikuttavuudesta, käyttökelpoisuudesta ja tarkoituksenmukaisuudesta sekä niiden merkityksellisyydestä hoitoa tarvitsevalle ja hänen läheisilleen.

Mutta miten löydät hoitosuosituksia muista maista? Voit hyödyntää seuraavia palveluita.

DynaMed Plus

DynaMed Plus sisältyy Suomessa Terveysportti-sopimuksiin, joten pääset sinne joko UEF-Primon tai Terveysportin kautta. Palvelu on EBSCOn laaja kliinikon työkalu, josssa on näyttöön perustuvaa, päivittäin päivitettävää tietoa terveydenhuollon päätöksenteon tueksi. Löydät eri maiden hoitosuosituksia yksinkertaisesti hakemalla aihettasi kuvaavilla sanoilla ja sanalla guideline. Mukana on suosituksia länsimaiden lisäksi myös Aasiasta.

Trip

Tripin suppea versio on vapaasti verkossa. Voit hakea tavallisessa hakukentässä tai käyttää haussa PICO-asetelmaa. Maksullisessa Pro-versiossa on enemmän ominaisuuksia. Trip-tietokanta kokoaa näyttöön perustuvan lääketieteen tiedonlähteitä, mm. systemaattisia katsauksia, eri maiden hoitosuosituksia, kuvia, videoita, potilasohjeita, koulutusmateriaalia ja uutisia. Näytön astetta kuvataan pyramidilla, jonka huipulle suositukset asettuvat. Näet siis helposti, onko julkaisu hoitosuositus. Voit myös rajata tuloksen vain niihin tai pelkästään tietyn maan tai alueen suosituksiin.

Joidenkin maiden omat suositukset

Voit myös hakea muiden maiden omilta hoitosuositussivuilta kultakin erikseen, esimerkiksi:

Myös avoimet julkaisuarkistot PMC (eli PubMed Central) ja PMC Europe ovat kokeilemisen arvoisia.

  • PMC on bio- ja terveystieteiden julkaisuarkisto, jota ylläpitää NLM (National Library of Medicine, USA).
  • Europe PMC on avoin bio- ja terveystieteiden julkaisuarkisto, jota ylläpitää EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute). PubMed Centralin viitteiden lisäksi tietokannassa on mm. patentteja ja NHS:n (UK National Health Service) hoitosuosituksia.

Tietenkin vanha tuttu PubMed auttaa myös. Tee haku ja rajaa julkaisutyypillä Guideline tai suppeammalla Practice Guideline – nämä tulevat mukaan mukaan Guideline-rajauksella, joten molempia ei tarvita.

Valkotakki, kertakäyttöhanska, käsi, kynä, kirjoitusalusta. White coat, blue rubber glove, hand, pen, writing pad.
Kuva | Photo: Chokniti Khongchum, Pixabay

The source of Finnish Current Care Guidelines is naturally Käypä hoito. They are national, independent, evidence-based clinical practice guidelines that cover important issues related to Finnish health, medical treatment as well as prevention of diseases. In addition, in Finland, Hotus (Nursing Research Foundation) coordinates and publishes evidence-based guidelines (in Finnish only) on the effectiveness, usefulness and appropriateness of methods used in social and health care and their relevance to those in need.

But how to the find clinical guidelines of other countries? You can use these services:

DynaMed Plus

DynaMed Plus is included in Terveysportti. You can access it there or via UEF-Primo. It is a clinical decision support tool for clinicians. Conclusions are based on the best available evidence and the content is frequently updated. Search for guidelines simply with your keywords and the term ‘guideline’. DynaMed Plus also includes guidelines from Asia.

Trip

Trip is a clinical search engine designed to allow users to quickly and easily find and use high-quality research evidence to support their practice and/or care. The open access version does not include all features. Search in the basic search box or try the PICO search. The pyramid icon describes the level of evidence and guidelines are at the top. You can easily see if the publication is a guideline or limit to guidelines only, even the guidelines of one country or region.

Guidelines of some countries

You can also search the guidelines of each country separately, for example:

Also open archives PMC (PubMed Central) and Europe PMC are worth trying.

  • PMC (PubMed Central®) is a free full-text archive of biomedical and life sciences journal literature at the U.S. National Institutes of Health’s National Library of Medicine (NIH/NLM).
  • Europe PMC is an open science platform that enables access to a worldwide collection of life science publications and preprints from trusted sources around the globe. Europe PMC is developed by EMBL-EBI. It is a partner of PubMed Central and a repository of choice for many international science funders.

Of course you can always use PubMed. Make a search and filter with the publication type Guideline or narrower Practice Guideline – these are included in the Guideline limit so both are not necessary.

Tuulevi Ovaska
erityistietoasiantuntija | Information Specialist
Opetus- ja tietopalvelut | Training & Information Services

Tieto, tiede ja tutkimusjulkaisut | Knowledge, science and publications

(Please, scroll down to read in English.)

Kirjaston avoimen tieteen eteen tekemä työ on yhtä iäkästä kuin kirjastojen olemassaolo. Kirjastojen ydintehtävänä on aina ollut jakaa ja järjestellä tietoa niin, että sen uudelleenkäyttö ja hyödyntäminen on ollut mahdollisimman helppoa. Mikään tässä lähtöajatuksessa ei ole uutta. Kenttä ympärillä on vain mutkistunut ja edelleen muuttuva.

Nykyajan sähköinen ja samalla mahdollisimman avoin saavutettavuus on ensisijaisen tärkeää eritoten tilanteessa, jossa kehittyvätkin maat rakentavat kiihtyvällä tahdilla infrastruktuuriympäristöjään, mutta monessa tapauksessa huomattavasti rajallisemmin resurssein kuin mihin me kehittyneissä maissa olemme tottuneet. Kustantajien jatkuvasti nousevat tilausmaksut eivät helpota kehittyvien maiden aineistonhankintaa. Rahalla ostettava avoimuus tätä näkökulmaa ajatellen ei ole enää eettisesti kestävä ratkaisu.

Kirjaston perustehtävänä on auttaa ja tukea tutkimustyötä, jolla toivottavasti voidaan muuttaa asenteita, murtaa ennakkoluuloja, sekä muokata maailmasta nykyistä parempaa paikkaa. Tieteellisten kirjastojen vastuu avoimen tieteen palvelujen tarjoajana on kehittynyt viime vuosina merkittävästi, esimerkkinä tästä on rinnakkaistallennuspalveluiden vakiintuminen useissa suomalaisissa korkeakouluissa.

Kuva: Antti Laurila

Itä-Suomen yliopiston kirjasto avustaa tieteentekijöitä sekä muita tiedeyhteisön parissa toimivia tahoja. Heti opintojensa alussa uusi opiskelija saa kirjastosta opastusta aineiston löytämiseen. Pikkuhiljaa hän lähtee järkeistämään pala palalta oman tieteenalansa konventioita. Hän kenties kyseenalaistaa tiedonhaun kurssilla entisiä tiedonhaun ja -hallinnan taitojaan samalla, kun hän muodostaa omaa ensimmäistä isompaa tutkielmaansa. Hän oppii kahlaamaan tietokantojen viidakossa ja hyödyntämään myös kansainvälisiä artikkeleita oman tutkielmansa pohjaksi. Kirjasto muistuttaa opiskelijaa opinnäytetyövaiheessa avaamaan lopputyönsä suuren yleisön saataville, ja avoimuudesta kiinnostuneille jatko-opiskelijoille on tarjolla luotettavaa ohjausta muun muassa aineistonhallintasuunnitelman tekoon sekä syvempää tiedonhaun ohjausta.

Jatko-opinnot huipentuvat useimmiten väitöskirjan laatimiseen ja väitöstilaisuuteen. Yliopistolla on tällä hetkellä neljä pääjulkaisusarjaa, joissa väitöskirjat julkaistaan tiedekunnittain. Kirjaston tuki ei tässä kohtaa ole vain teknistä teoksen verkkoon saattamista, vaan usein kirjaston asiantuntijat selvittävät julkaisusopimusten koukeroita ja kustantajien tahtotiloja tiedon levitykseen yhdessä julkaisusarjojen toimittajien kanssa. Samalla kaavalla tiedot tarkistetaan, kun tutkimusartikkeleita rinnakkaistallennetaan kohta kolmevuotissyntymäpäiviään viettävään UEF eRepository -julkaisuarkistoon.

Julkaisun valmistumisen myötä sen tiedot on myös kerättävä, tallennettava ja raportoitava opetus- ja kulttuuriministeriölle. Tämä toteutetaan kirjaston palveluna yliopistossamme, vaikka tekijä itse julkaisutietojen oikeellisuudesta vastaakin. UEF asiointipalvelun palvelulomake on avattu tutkijoille jo vuonna 2015, ja järjestelmä- sekä sisällöllistä neuvontaa on saatavilla myös palvelusähköpostiosoitteen kautta. Kirjasto tarkistaa jokaisen julkaisun tiedot ennen kevään lopullista yliopiston rahoitukseen vaikuttavaa tietojen lähetystä OKM:lle.

Kaikki tämä taustatoiminta tähtää tiedon avoimeen saatavuuteen, ja vaikka toisinaan avoimuuteen kannustaminen on kuin taistelisi tuulimyllyjä vastaan, silti jokainen ponnistus kannattaa. Peliä valemediaa tai höttösisältöjä vastaan ei ole vielä menetetty. Avoin toimintakulttuuri ja avoin tiede eivät ole mitään yleviä sanapareja, vaan sisältävät ajatuksen aktiivisesta toimimisesta myös arkipäivän tasolla sen eteen, millä todella on merkitystä.

Katso myös: Open UEF

Knowledge, science and publications

The concept of open science is not new, neither is the fact that libraries have always had an important role in making scientific publications available for those who need them. What has changed though, is the surrounding world, tools and the whole scientific “eco-system” and the expectations of what open science actually mean. Modern tools like the internet, gives us the possibility to disseminate scientific publications all over the world. With this possibility comes the responsibility to act, to provide information for those who need it – like we always have.

University libraries in Finland are nowadays responsible for various aspects of supporting open science. Self-archiving is an example of a service, which has grown from the margins to a common and a permanent library service within the recent years.

Kuva: Taina Sahlman

The University of Eastern Finland Library has a lot to offer to researchers and students. Courses in information skills to get everyone started, vast collections to support researching and studying, and finally something to help everyone with the final step of their current scientific journey: publishing. Whether it is a masters’ thesis, a doctoral dissertation or a scientific article, we have the services that can help you find the most open route for your publication. Sometimes interpreting the publishing agreements is required, even then we are here to help.

When the publication is ready, the research publication data is collected in the SoleCRIS- system as librarys’ service. It is the authors responsibility to provide correct metadata of the publication, but library does the final validation. Informing the library about the publications can be done with a service form found at UEF e-services. Self-archiving can be requested with the same form. The service has been up for more than two years already.

All this work done at the backstage serves the cause of openness. The battle against fake news and ignorance isn’t over yet – every action towards more open publications and more open world is needed. Librarys task is to be there and to serve this cause. Open science isn’t just an empty phrase — it is in the meaningful actions which a library does every day.

See also: Open UEF

 

Antti Laurila, tietojärjestelmäasiantuntija | IT Systems Specialist
Verkko- ja julkaisupalvelut | Library IT and Publishing services

Taina Sahlman, tietopalveluneuvoja | information services advisor
Verkko- ja julkaisupalvelut | Library IT and Publishing services