Venäjä avaa ovet
Karjalan tutkimuslaitokselle kuin koko Suomelle 1990-luvulle siirtyminen oli murroskautta, jossa tapahtui nopeasti ja paljon. Taustalla oli talouslama, joka tarkoitti rahoituksen vähenemistä ja taloushuolia. Länsi-Euroopan integraatio syveni ja samaan aikaan koko itäinen Eurooppa muuttui. Neuvostoliiton hajoaminen oli yllätys. Tutkimuslaitoksen tehtävän ja rooli kannalta se oli tapahtuma, joka saattoi ”pelastaa” laitoksen. Neuvostovallan sortuminen merkitsi laitoksen työn uudelleen arviota ja suuntaamista. Karjalan tutkimuslaitoksen vahvalle Karjalaa koskevalle asiantuntemukselle oli nyt käyttöä ja selkeä tarve, ja tämä vankisti laitoksen asemaa niin yliopistossa, Suomessa ja kuin kansainvälisellä tutkimuskentällä. Uuden Venäjän synty merkitsi monien kokeilujen aikaa. Muotoutuvien rakenteiden ja toimintojen ilmenemistä haluttiin lähestyä monista eri näkökulmista. Muutoksilla nähtiin olevan etniskansallisia, poliittisia, taloudellisia, ideologisia ja kulttuurisia vaikutuksia. Laitoksella ne tulkittiin sekä muutoksen aiheuttajiksi että seurauksiksi.
Tutkimusyhteistyötä ja vierailuja oli tehty rajan yli jo pitkään. Tutkijavaihto Neuvostoliiton kanssa aloitettiin jo 1972. Veijo Saloheimo tutustui tuolloin Leningradissa ja Petroskoissa tehtäviin Karjalaan liittyviin tutkimuksiin. Pekka Laaksonen oli tehnyt kenttätöitä Karjalassa 1970-luvulla ja KTL:n tutkijat satunnaisesti 1980-luvulla, Kaija Heikkinen jopa osin ilman neuvostoviranomaisten lupaa. Nyt avautuivat kenttätyömahdollisuudet ja arkistot aivan uudella tavalla. Venäjällä avautunut ilmapiiri antoi mahdollisuuden kehitellä tutkimusyhteistyötä Venäjän akatemian Karjalan tiedekeskuksen kanssa. Tutkimuslaitoksen tutkijat solmivat monenlaisia toiminnallisia yhteistyösuhteita, jotka kaikki eivät perustuneet virallisiin sopimuksiin, vaan olivat normaalia asiantuntijoiden kanssakäymistä ja verkostoitumista.
Käytännössä Karjalan tutkimuslaitoksella suoritettu aluetutkimus ikään kuin laajeni Luoteis-Venäjälle. Rajan avautuminen merkitsi näet useassa tapauksessa sitä, että Suomen puolella tehdyt tutkimusasetelmat – ja kysymykset – siirrettiin lähes sellaisenaan Venäjän Karjalaan. Tutkimuslaitoksen julkaisusarjassa ilmestyi nopeaan tahtiin Venäjälle siirrettyä kylätutkimusta, kansalaisyhteiskuntaselvityksiä, Laatokan ekologista tilaa, luonnonvaroja ja Karjalan taloudellista aktiviteettia koskevia katsauksia. Pitkän aikavälin ilmastomuutosta selvittävä SILMU-hanke, jossa kehiteltiin Saimaan ulappavesien biologisia seurantamenetelmiä, oli osin siirrettävissä sellaisenaan Laatokalle. Perinnetutkijat siirtyivät rajan taakse ikään kuin itäraja ei olisi koskaan kiinni ollutkaan. Venäjän kielen taidosta oli suuri apu, joten asiantuntijuus sai tätä kautta käytännön ulottuvuuden. Tutkimuslaitokselle palkattiin venäjäntaitoisia ensin tutkimusapulaisiksi ja tulkeiksi, sitten tutkijoiksi. Pentti Stranius palkattiin 1995 hoitamaan kansainväliseen tutkimusyhteistyöhön liittyviä käytännön toimia sekä EU-rahoituksen edellyttämien hakemusten valmistelua. Euroopan unioni vaikutti myös siihen, että Karjalan tutkimuslaitoksen tuottamalle tiedolle niin Pohjois- kuin Venäjän Karjalasta löytyi yhä enemmän kansainvälistä (lue länsimaista) tarvetta.
Ekologeja kiinnosti Laatokka ympäristöineen. He suunnittelivat kuljettavansa tutkimusalus Muikun Saimaan kanavan kautta ja Nevaa pitkin Laatokalle. Suurjärvellä oli tarkoitus aloittaa kansainvälisenä yhteistyönä pitkäaikainen seuranta erilaisin mittalaittein. Laatokka oli seuraavat vuodet tutkimuksen keskiössä, josta kertoi painoalanimi: Saimaan ja Laatokan vesiekosysteemit ja valuma-alueet, luonnonvarat ja ympäristöongelmat. Ensimmäinen Laatokka-tutkimuksia esittelevä kokoelma Report on Lake Ladoga Research in 1991–1993 ilmestyi 1993. Laatokka kiinnosti monella tapaa, olihan se ollut myös sotilaallisten kokeilujen toimintakenttä.
Humanistisen osaston uudet yhteistyösuhteet rakentuivat huomattavalta osalta Petroskoin tiedelaitosten kanssa tehtäviin yhteishankkeisiin, joihin liittyi länsieurooppalaisia yhteistyötahoja. Neuvostoliiton aikana aloitetut ja Suomen Akatemian rahoittamat yhteistyöhankkeet saatettiin ensin loppuun. Kimmo Katajala toimitti joensuulais-petroskoilaisen yhteishankkeen Asiakirjoja Karjalan historiasta 1500- ja 1600-luvuilta käsikirjoituksen valmiiksi. Toimitustyössä oli mukana Sari Hirvonen. Tutkimusyhteistyössä paljastuivat konkreettisesti suomalaisen ja neuvostoliittolaisen historiatutkimuksen erot suomalaisten keskittyessä sisältöön ja tulkintaan, kun taas Petroskoissa keskityttiin ulkoiseen lähdekritiikkiin.
Humanistisessa osastossa Kaija Heikkisen uusi viisivuotiskausi alkoi kesällä 1991. Hän keskittyi vepsäläistutkimukseen, mutta Karjalan tutkimuslaitoksen tutkijat suuntasivat katsettaan etäämmäs itään suomalais-ugrilaiseen kulttuuripiiriin, etenkin Komiin. Mukaan tulivat marit ja udmurtit. Keskeisiksi nähtiin erityisesti kansalaisuuteen liittyvät kysymykset. Laitos panosti suomalais-ugrilaisten kansojen aseman ja kulttuurin tutkimukseen. Vuosikertomuksessa todettiin, että suomalaisilla oli tällä erityisalalla kunniakas tutkimustraditio. Karjalan tutkimuslaitos oli mukana uralilaisten kansojen mytologiaa tutkivassa, Suomen Akatemian rahoittamassa ja Anna-Leena Siikalan johtamassa hankkeessa. Yhteistyökumppanit olivat Nikolai Napolskih Venäjältä ja Mihail Hoppal Unkarista. Karjalan tutkimuslaitokselta projektissa työskentelivät Kaija Heikkinen, Pekka Hakamies ja Lidia Tojdybekova,
Venäjän yhteiskunnallinen mullistus mahdollisti ennennäkemättömien aineistojen saatavuuden ja teki mahdollisiksi uudet kysymyksenasettelut, mutta se myös käynnisti uusia yhteiskunnallisia ja kulttuurisia prosesseja. Kysymys suomalais-ugrilaisten kansojen asemasta ja etniskulttuurisesta statuksesta oli osa laajempaa Venäjällä ja Venäjän ulkopuolella käytävää kansallisuuskeskustelua. Suomalais-ugrilaisten kansoihin keskittyvää tutkimusta ei voitu harjoittaa irrottamalla heitä muista Venäjän kansallisuuksista, ennen kaikkea venäläisistä. Tutkimuksissa oli huomioitava myös venäläinen kulttuurin ja venäläisten tutkimus.
Suomen Akatemian Venäjän tutkimuksen ohjelmasta rahoitusta saivat (suomalais-) kansalliset teemat. Sellainen oli Antti Laineen johtama tutkimus Kansallinen valtiollisuus Luoteis-Venäjällä vallankumouksen jälkeen vuoteen 1940. Karjalan ja Komin kehitys Suomeen verraten. Esikuva ja sen kaksi seuraajaa? Tutkimus keskittyi Karjalan ja Komin autonomisten tasavaltojen kansalliseen kehitykseen uuden talouspolitiikan vaiheessa ja 1930-luvulla. Tutkijat halusivat selvittää, miten näiden alueiden johtajat tarkastelivat Suomen kansallista kehitystietä. Tutkittavaan kauteen ajoittuivat maatalouden kollektivisointi ja kansallisten elementtien likvidointi tasavaltojen hallinnosta. Tutkimus tähtäsi maailmalle, englanninkielinen yhteenveto oli tarkoitus julkaista joko Euroopassa tai Yhdysvalloissa. Karjalan tasavaltaan kohdistui 1994 useita esitutkimusluonteisia hankkeita. Näiden yhteydessä valmistui teos Russian Karelia on Search of a New Role.
Karjalan tutkimuslaitos asemoi itseään Heikki Eskelisen johdolla samaan aikaan osaksi Euroopan unionia ja sen määrittelemiä tutkimusasetelmia. ”Euroopan integroituessa on tutkimuslaitoksen yhdyttävä Eurooppaan”, kommentoi Eskelinen Karjalan Maan toimittajalle Jyrki Haapalalle 5.10. 1991. Puheessa painoi ennen muuta tutkimusraha ja sen kautta laitokselle saatava toimintavarmuus. Euroopan unionin rahoituskanavat suuntasivat tutkimusta ja asemoivat myös tutkimuslaitosta osaksi eurooppalaista tutkimusjärjestelmää. Tutkimuslaitoksen sisällä jako EU–Venäjä kulki osastojen läpi ja sisällä. Yhteiskuntatieteellinen osasto oli 1990-luvun alussa ensisijaisesti sekä aluekehityksen että maaseutukysymysten tutkimusyksikkö. Yhteiskuntatieteellinen osaston taloustieteellinen aluekehitys tähtäsi läntiseen Eurooppaan ja Euroopan integraatioon, ja Venäjää lähestyttiin tätä kautta, sen sijaan ”maaseutututkijat” Oksa ja Rannikko suuntasivat joukkoineen suoraan rajan yli Venäjälle. Jukka Oksa vietti 47 vuorokautta Karjalan tasavallassa 1993. Metsätyön murrosta Venäjän Karjalan Koivuselässä oli tutkimassa myös Eira Varis.