Pietarin kautta Venäjän rajoille
Joensuun yliopisto oli Karjalan tutkimuslaitoksen johdolla mukana Suomen eri yliopistojen kamppaillessa Venäjän ja Itä-Europan tutkimuksen johtoasemasta. Yliopistojen välinen työnjako hahmottui aluksi maantieteellisesti siten, että Lapin ylipisto keskittyi Barentsin alueeseen, Helsingin yliopisto Itämeren ympäristöön ja Joensuun yliopisto Karjalan tasavaltaan. Näitä kirjaamattomia reviirirajoja ryhdyttiin ylittämään 1990-luvun puolivälissä. Kysymys oli pitkälti venäläisistä yhteistyökumppaneista. Erityinen kiinnostus koski Pietarin laitoksia, joilla oli huomattavasti enemmän resursseja kuin joensuulaisille vanhastaan tutuilla, mutta vähävaraisilla Petroskoin yhteistyötahoilla. Kun Karjalan tutkimuslaitos otti Pietarin mukaan tutkittavaksi alueeksi, astui Joensuun yliopisto Helsingin yliopiston varpaille. Teko oli tietoinen, mutta Pietarin kautta uskottiin laitoksen saavan Venäjä-tutkimukselle ulkopuolista, kansainvälistä rahaa ja uusia yhteistyösuhteita myös kolmansien maiden kanssa. Tutkittava alue laajeni samaan aikaan myös Barentsin alueelle, sillä Suomen Euroopan unionille tekemä aloite Pohjoisen ulottuvuuden politiikasta avaisi ehken ja mahdollisesti toisia rahoituskanavia tutkimukselle. Näin yliopisto ulotti tutkimuksensa myös Lapin yliopiston tontille.
Karjalan tutkimuslaitos ja koko Joensuun yliopisto kärsivät tappion, kun opetusministeriö antoi Helsingin yliopistolle valtakunnallisen roolin Venäjän ja Itä-Euroopan tutkimuksen koordinointiin. Tätä varten perustettiin erityinen Aleksanteri-instituutti. Se suuntautui alkuun vahvasti elinkeinoelämää palveleviin hankkeisiin, sillä niihin oli mahdollista saada EU-rahoitusta. Aleksanteri-instituutti muutti hieman luonnettaan, kun se sai rahoituksen Venäjän ja Itä-Euroopan tutkijakoulun käynnistämiseen. Helsinki muodosti näin Joensuulle haasteen, johon oli vastattava. Karjalan tutkimuslaitoksella, eikä Joensuun yliopistolla ollut halua toimia Helsingin yliopiston Aleksanteri-instituutin alaisena. Laitoksella kuulunut tuohtumus vaihtui uuteen toimintatarmoon. Tutkimusta ryhdyttiin suuntaamaan Venäjän sijaan rajaan ja raja-alueisiin.
Joensuussa Venäjä-tutkimusta oli tehty Karjalan tutkimuslaitoksen ohella tiedekunnissa ja täydennyskoulutuksessa, jossa toimiva Itäinnova tarjosi itäosaamiseen keskittyvää ammatillista ja kaupallista koulutusta ja tarjosi palveluja raja-alueyhteistyötä koskeville kongresseille. Karjalan tutkimuslaitos järjesti yhdessä Itäinnovan kanssa kansainvälisen symposiumin, jonka teemana oli Euroopan unionin rajalla. Symposium oli omalta osaltaan kiinnittämässä tutkimusta Euroopan unioniin. Venäjää lähestyttiin erilaisten EU-ohjelmien rajaseutuyhteistyön ja eurooppalaisen kansalaisyhteiskunta-näkemyksen kautta. Kansalaisyhteiskunnan syntyä selvittävillä tutkimuksilla oli kysyntää. Kansa ja valta. Jatkuvuus ja muutos Venäjällä 1900-luvulla sai rahoitusta Suomen Akatemialta 1997 ja seuraavana vuonna Ilkka Liikasen Civic Culture and Nationality in North-West Russia and Estonia sai Akatemian rahoituksen. Kansalaisyhteiskuntatutkimus laajensi yhteyksiä Baltiaan, Englantiin ja Skandinaviaan.
Kun Joensuun yliopiston yleisen tason profiloitumisessa 1990-luvun lopulla nousivat esiin Euroopan raja- ja reuna-alueiden yhteiskunta- ja kulttuurikehitys, niin juuri näillä aloilla tutkimuslaitos saattoi osoittaa tuloksellisuuttaan. Ensisijaiset alueelliset kohteet eli itäinen Suomi, Karjala ja Pietari vaikutusalueineen määriteltiin rajaseuduksi, jotka olivat idän ja lännen rajalla, kuten perinteisesti oli totuttu tulkitsemaan, mutta nyt, uutena painotuksena: Pohjois-Euroopassa.
Suomi asemoi itseään länteen ja Karjalan tutkimuslaitoksen johto ymmärsi läntisten kumppaneiden tuovan tutkimukselle rahaa. Se näkyi tutkimuksen suuntauksissa ja toki myös tulkinnoissa. Yhteiskuntatieteellinen osasto haki kumppanuuksia ”lännestä” eli Britanniasta ja Yhdysvalloista. Teemana oli post-kommunismi, joka englanninkielisessä puheessa kääntyi sittemmin muotoon ”post-sovjet”. Rajatutkimukseen liittyi kirja Curtains of Iron and Gold. Reconstructing Borders and Scalaes of Interaction”. (Ashgate Publishing 1999.) Yhteiskuntatieteellinen osasto järjesti yhdessä Tampereen Rauhan ja konfliktintutkimuskeskuksen kanssa sekä San Diegon yliopiston kanssa kansainvälisen konferenssin Border Regions on Transition Joensuussa ja Sortavalassa. Rahoittajina olivat Suomen Akatemia ja Norjan ulkopoliittinen Instituutti.
Karjalan tutkimuslaitoksen painopistealaksi valittua rajoja ja raja-alueita koskevan tutkimusta kehitettiin Rajatutkimusverkosto-projektin nimissä. Toukokuussa 1998 aloitetun verkoston tavoite oli vahvistaa Joensuun yliopiston asemaa raja-alueita koskevan tutkimuksen piirissä. Hankkeen ohjausryhmään kuului puheenjohtajan, yliopiston uuden rehtorin Perttu Vartiaisen ohella Tarja Cronberg. Hankkeen johtajana toimi Heikki Eskelinen ja suunnittelijana Pirjo Jukarainen. Rajatutkimusverkostoa rahoittivat Euroopan unionin Interreg-ohjelma ja opetusministeriö. Raja- ja lähialuekeskusta valmisteltiin yhdessä Pohjois-Karjalan liiton, Joensuun Tiedepuiston ja muiden sidosryhmien kanssa.