PubMedissa on nyt yli 25 miljoonaa viitettä – Miten löydät niiden joukosta ne joita tarvitset? / PubMed now has more than 25 million citations – How to find among them the ones you need?

PubMed-tietokantaan tallennettiin 16.6.2015 kahdeskymmenesviidesmiljoonas viite. Haku yhdellä tai kahdella hakusanalla tuottaa valtavasta tietokannasta niin suuren määrän viitteitä, että täsmälliseen tiedontarpeeseen sopivan löytäminen vie paljon aikaa. Miten hakutulosta saisi toisaalta osuvammaksi mutta myös kattavammaksi?

Näillä keinoilla

  • Haun suunnittelu
    • Aihetta kuvaavat käsitteet ja niitä vastaavat hakusanat
  • Boolen logiikka
    • Videossa ei haeta PubMedistä, mutta sama logiikka toimii kaikissa tietokannoissa
    • Hakulauseella “pulmonary tuberculosis” AND (treatment OR therapy) saa täsmällisemmän tuloksen kuin haulla tuberculosis treatment
  • MeSH-termit
    • Videossa haetaan influenssarokotteiden mahdollisia haittavaikutuksia kananmuna-allergikoille
    • edellisestä aiheesta hakulause MeSH-termein voisi olla “Tuberculosis, Pulmonary/therapy”[Mesh]
  • Rajaukset
    • PubMedin vasemman reunan rajausmahdollisuuksista osa on piilossa (klikkaa more) ja muutenkin rajausten tekeminen on monivaiheista
    • Kannattaa silti käyttää tilanteen mukaan esimerkiksi julkaisutyyppi-, julkaisuaika-, julkaisukieli- ja ikäryhmärajauksia
    • Video
    • Vältä rajausta Free full text. Se jättää hakutuloksesta pois kirjaston hankkimat ja maksamat lehdet.

 

On June 16, 2015, the 25 millionth journal citation was added to PubMed. Searching with one or two words retrieves such a huge amount of citations that it takes a long time to find the ones that answer your question. How to make the search result more accurate but also more comprehensive?

With these tools

  • Planning the search
    • The concepts that describe the topic and the terms for them
  • Boolean logic
    • Same logic of combing search terms in all databases
    • Using “pulmonary tuberculosis” AND (treatment OR therapy) gives a more accurate set of results than tuberculosis treatment
  • MeSH terms
    • Video shows how to search if there are concerns with flu vaccines and egg allergy
    • About the topic above the search using MeSH could be “Tuberculosis, Pulmonary/therapy”[Mesh]
  • Limits
    • Some of the Limit options in PubMed are hidden (click more to see them) and using the limits is sometimes complicated
    • Try anyway, depending on your topic, for example article types, publication dates, languages, and ages
    • Video
    • Avoid using the limit Free full text. It omits the journals the library has subscribed and paid for.

 

Tuulevi Ovaska
palvelupäällikkö, tietoasiantuntija
head of services, information specialist

MeSH on demand — työkalu sopivien asiasanojen löytämiseksi

MeSH on Demandin avulla on helppo löytää tietyn aiheen MeSH-termejä. MeSH on Demand -hakuun voi lisätä (kopioida) jopa 10000 merkkiä tekstiä, jonka ei tarvitse olla hakusanoja, vaan mitä tahansa tekstiä, vaikka artikkelin abstrakti.

Esimerkiksi artikkelin

Jääskeläinen P, Heliö T, Aalto-Setälä K, Kaartinen M, Ilveskoski E, Hämäläinen L, Melin J, Kärkkäinen S, Peuhkurinen K, Nieminen MS, Laakso M; the Finhcm Study Group, Kuusisto J. A new common mutation in the cardiac beta-myosin heavy chain gene in Finnish patients with hypertrophic cardiomyopathy. Ann Med. 2014 Jun 3:1-6.

abstraktista (joka siis kopioidaan ja liitetään hakuruutuun)

Background. In the nationwide FinHCM Study including 306 Finnish patients with hypertrophic cardiomyopathy (HCM), we have previously identified two founder mutations in the alpha-tropomyosin (TPM1-D175N) and myosin-binding protein C (MYBPC3-Q1061X) genes, accounting for 18% of all cases. Objective. To screen additional mutations, previously identified in eastern Finnish cohorts with HCM, in the FinHCM Study population. Patients and methods. Ten mutations in the beta-myosin heavy chain gene (MYH7), TPM1, and MYBPC3 were screened. Results. MYH7-R1053Q was found in 17 of 306 patients (5.6%). No carriers of MYH7-R719W or N696S were found. A novel TPM1-D175G mutation was found in a single patient. MYBPC3 mutations were found in 14 patients: IVS5-2A-C in two, IVS14-13G-A in two, K811del in six, and A851insT in four patients. Altogether, a HCM-causing mutation was identified in 32 patients, accounting for 10.5% of all cases. In addition, two MYBPC3 variants R326Q and V896M with uncertain pathogenicity were found in eight and in 10 patients, respectively. Conclusion. Combining the present findings with our previous results, a causative mutation was identified in 28% of the FinHCM cohort. MYH7-R1053Q was the third most common mutation, and should be screened in all new cases of HCM in Finland.

MeSH on Demand -työkalu poimii MeSH-termeiksi nämä:

    • Cardiomyopathy, Hypertrophic
    • Carrier Proteins
    • Female
    • Finland
    • Heterozygote
    • Humans
    • Male
    • Mutation
    • Myosin Heavy Chains
    • Tropomyosin
    • Ventricular Myosins
    • Virulence

Katso kuvat NML:n ohjeesta ja kokeile!

  • Ai, mitä niillä MeSH-termeillä sitten tehdään? Ne ovat asiasanoja, joita käytetään sisällönkuvailuun (indeksointiin) lääketieteen tietokannoissa, kuten MEDLINE ja MEDIC. Käyttämällä asiasanoja hakusanoina, voi saada täsmällisempiä, osuvampia tuloksia kuin omin, vapain sanoin. Katso video!

 

Tuulevi Ovaska, palvelupäällikkö (tietoasiantuntija)

Eurooppa-tiedon lähteitä Eurooppa-päivänä

WP_20140509_006Joka vuosi 9.5. vietetään Eurooppa-päivää Schumanin julistuksen muistoksi. Tietoa tästä ja kaikesta muustakin mahdollisesta Euroopan unioniin liittyvästä löytyy Europa – Euroopan unionin portaalista europa.eu. Ongelmana on vain se, että nämä sivut ovat hieman liiankin runsaat. Siksi Itä-Suomen kirjasto tarjoaa erilaisia vaihtoehtoisia linkkejä EU-tietoon sivulla kokoelmat -> Erikoiskokoelmat -> EU-tallekirjaston esittely.

Europa-portaalin alta löytyy mm. Eurostat eli Eurooppa-aiheisen tilastotiedon ehtymätön lähde. Jos Eurostatin salat eivät tunnu hevillä aukeavan, niin vika ei välttämättä ole sinussa vaan tilastoihmisten erilaisessa tavassa ajatella ja jäsennellä asioita. Pika-apua voi saada Tilastokeskuksen Tilastokirjaston tietopalvelupäivystyksestä numerossa 09 1734 2220 ma–pe klo 9.00–16.00. Soittamista ei tarvitse liikaa arastella, koska neuvomisesta meille tietopalveluihmisille maksetaan.

EU-lainsäädännöstä kiinnostunut löytää tietoja EUR-Lex-portaalista. Sieltä löytyy mm. Euroopan unionin virallinen lehti koko ilmestymisajaltaan. Euroopan unionin tuomioistuimien oikeuskäytäntöön taas pääsee tutustumaan Curia-portaalin avulla.

Näilläkin erikoistuneimmilla EU:n tuottamilla sivuilla tiedonhaku voi usein tuntua vaikealta. Siksi tästä aihepiiristä kiinnostuneiden kannattaa tutustua myös vapaasti verkosta löytyvään European Sources Online –sivustoon. Sitä ylläpitää Cardiffin yliopiston EU-tallekirjasto ja se kerää jatkuvasti sekä EU:n elinten itsensä sekä muiden tahojen tuottamia EU:ta koskemia tietoja ja uutisia.

Itä-Suomen yliopiston kirjastokin on yksi EU-tallekirjastoista ja se saa ilmaiseksi Euroopan Unionin komission ja sen alaorganisaatioiden tuottamia julkaisuja. Nykyisenä sähkökirjojen aikakautena suurin osa EU:n eri elinten julkaisuista on myös ladattavissa ilmaiseksi PDF-muodossa EU Bookshop –verkkokirjakaupasta. Kuten useimmat EU:n sivut, siitä on myös suomenkielinen versio. Teoksia kannattaa kuitenkin etsiä englanninkielisiltä sivuilta ja vasta jotain kiinnostavaa löydettyään tutkia julkaisun eri kielivaihtoehtoja. Sääli että näin loistava aineistokokoelma on melko hankalan käyttöliittymän takana. Sivut on rakennettu alun perin painettujen maksullisten julkaisujen tilaamiseen, mutta lähes aina löytyy myös linkki ilmaiseen PDF-tiedostoon.

EU on rakentanut myös Europe Direct –palvelun. Numerosta 00 800 6 7 8 9 10 11 saat maksutonta ohjausta arkipäivisin klo 10-19. EU-tallekirjastotkin ovat osa Europe Direct –tiedotusverkostoa, samoin kuin Europe Didect –tiedotuspisteet (EDIC). Itä-Suomessa on toistaiseksi yksi piste Kuopiossa. Toivottavasti lisää pisteitä saadaan pian.

Ja mitä tahansa mieltä oletkin EU:sta, muista äänestää Euroopan parlamentin vaaleissa sunnuntaina 25.5. tai varmuuden vuoksi vielä mieluummin jo ennakkoon. Tyhjänkin lipun jättäminen (tai Aku Ankan äänestäminen) on poliittinen kannanotto, mutta kotiin jääminen on silkkaa laiskuutta.

 

Tietoasiantuntija Tapani Toivanen