Tag Archives: biopankki

Tiede ja Brexit

Myös tiedemaailma odottaa jännityksellä Britannian eroanomusta EU:sta. Mitä sitten tapahtuu, kun vahva toimija siirtyy eri leiriin? Jo nyt ennen virallista eroa uusien hankkeiden käynnistäminen siten, että brittiläisiä tutkijoita on mukana, on tyssännyt.  Samoin lukuisat muualta Euroopasta tulevat ja Britanniassa työskentelevät tutkijat odottavat päätöstä peläten joutuvansa lähtemään ja osa on jo lähtenytkin. Myös Britanniassa opiskelevien ulkomaalaisten keskuudessa tilanne aiheuttaa hämmennystä.

Joukko maailman arvostetuimpia yliopistoja sijaitsee Britanniassa. Britit ovat olleet aktiivisia ja luotettavia yhteistyökumppaneita EU-hankkeissa ja useiden hankkeiden koordinaattoreita. Terveydentutkimuksen alalla Britanniassa on myös erinomainen tutkimusta tukeva infrastruktuuri ja osaaminen esim bioinformatiikan alalla. Tutkimusrahoitukseen myös panostetaan merkittävästi kansallisella tasolla.  Tästä on esimerkkinä Medical Research Council ja vahvat säätiöt kuten Welcome Trust, jotka tukevat tutkimusta pitkäjänteisesti. Samoin terveysalan isojen yritysten konttoreita sijaitsee Britanniassa ja tämä omalta osaltaan edistää tutkimusyhteistyötä.

Britannia on saanut toimimaan asioita, joissa Suomessa ollaan vasta hyvässä alussa. Esimerkkinä tästä on UK Biobank, joka muodostuu yhdeksästä alueellisesta biopankista ja keskuspankista. Biopankkiin on kerätty 500 000 henkilön terveystietoaineisto, joka on avoinna tutkimusryhmille. Tosin tiedonjakamiseen ja yhteiskäyttöön liittyy omat haasteensa.  Britannian avoimen tieteen malli sopii hyvin meille ja Suomen mallia voidaan kehittää vielä paremmaksi.

Mahdolliseen Brexitin jälkeiseen aikaan pitää varautua. Terveydentutkimuksen alla Skandinavian maat, Hollanti ja Britannia edustavat samantyyppistä toimintakulttuuria ja sopivat hyvin yhteen. Jos Britannia tippuu pois EU-rahoituksen piiristä, on kuskin paikka vapaana ja se pitää ottaa.

Hilkka Soininen
Dekaani
Terveystieteiden tiedekunta

 

 

Terveyden tietomassojen äärellä

Big data on suurten kasvavien tietomassojen keräämistä, säilyttämistä, hallintaa, louhintaa, yhdistelemistä, jakamista  ja analysoimista tietotekniikkaa ja tilastotiedettä hyödyntäen. Terveyden alalla Big datan analysoimiseen on kohdistunut suuria toiveita löytää uusia sairauksien riskitekijöitä, riskigeenejä, biologisia merkkiaineita, tautimekanismeihin liittyviä aineenvaihduntatuotteita, lääkevaikutuksia ja lääkkeiden haittavaikutuksia, jotka pienemmissä aineistoissa ovat jääneet huomaamatta.

Tietoa on kerätty perinteisesti kohorttitutkimuksissa ja  kliinisissä interventiotutkimuksissa. Isojen tietomäärien hallinta ja eri kohorttien yhdistäminen ei ole ihan ongelmatonta. Tutkimusasetelma  ja kerätty tieto vaihtelee tutkimuksesta toiseen. Tietoa pitää yhdenmukaistaa. Tiedon kerääminen sairauskertomuksista on vielä alkutekijöissään,  mutta tulee edistymään nopeasti sähköisten järjestelmien kehittymisen myötä.

Biopankkitoiminta on alkanut vauhdilla Suomessa uuden biopankkilain tultua voimaan. Biopankissa yhdistyvät tutkittavien näytteet kliiniseen tietoon. On tärkeää, että Suomen biopankkitoimintaan tulee yhtenäinen tietojärjestelmä ja käytänteet.

Konkreettisia onnistumisia Big datan käytöstä on tullut mm. genetiikan alueella. Tutkijat ovat muodostaneet isoja konsortioita ja yhdistäneet tutkimuskohortteja ja siten tapausten ja verrokkien määrä on noussut jopa kymmeniin tuhansiin.  Analyyseissä on löydetty mm. harvinaisia geenivariantteja, joiden yhteyttä sairauteen ei ole voitu löytää ja vahvistaa pienissä aineistoissa.  Isoissa verkostoissa on voitu hyödyntää myös huippuyliopistojen ja tutkimuslaitosten infrastruktuureja ja osaamista.

Terveyden alalta kertyvä data on monitieteistä. Tiedon tuottamiseen tarvitaan mm. lääkäreitä, hoitajia, psykologeja, ravitsemustieteilijöitä, farmasian asiantuntijoita, kemistejä, fyysikoita, geneetikkoja, biologeja  ja taloustieteilijöitä.

Big datan hallintaan ja analytiikkaan tarvitaan osaamista ja osaajia.  Bioinformatiikka on yksi Terveystieteiden tiedekunnan nousevia tutkimusalueita, johon olemme kohdentaneet strategista tukea.

Hilkka Soininen (2)Hilkka Soininen
dekaani, terveystieteiden tiedekunta