Tag Archives: big data

Datatiede, tilastotiede, rekisteritutkimus, big data…

Avoin tiede on ajan hermolla. EU-tasoinen iso tavoite, jota yliopistomme johto on myös ansiokkaasti promovoinut. Tavoitteet on asetettu korkealle tieteellisen tiedon tuottamisen, avoimen jakamisen ja hyödyntämisen suhteen.

Avoimuus edellyttää uutta rohkeaa ajattelua ja vanhojen henkisten ajattelumallien muutosta. Kun joku saa jatkossa hyödyntää dataasi toisin, ja jopa paremmin kuin itse olet edes osannut ajatella, sinun kuuluu meritoitua alkuperäisen tiedon tuottajana. Kyse on myös uudenlaisesta osaamisesta ja sen kehittämisestä. Tarvitaan datatieteen osaajia, ammattilaisia jotka osaavat jalostaa dataa niin, että ”metsä hahmottuu puilta”. Datatiedettä kehitetään toivoakseni tieteellisiä vahvuuksiamme hyödyntäen myös Itä-Suomen yliopistossa.

Data-alan ammattilaisia tarvitaan UEFissa lisää, mutta big datan parissa työskentelee jo nyt merkittävä joukko osaajia. Luulenpa, että heitä on enemmän kuin mitä ehkä yleisesti ajatellaan. Heitä on tullut osaajiksi eri tutkimusalueille ja lisää tulee, jos yliopiston strategia etenee suunnitellusti. Tapahtuukohan alan kehittyminen ja hyödyntäminen kuitenkaan optimaalisesti, jos osaajat ovat erillään yliopistossa kahdella kampuksella, eri yksiköissä ja toistaan miltei tietämättöminä? Uhkakuva on, että porukkaa on lukumääräisesti riittävästi, mutta yhteistyön puutteen takia kriittistä massaa ei synny.

Pohtikaamme avoimen tieteen tavoitteiden saavuttamiseksi datatieteen alan uudenlaista koordinointia. Synnytetään verkosto, jossa ammattilaiset ovat keskenään vuorovaikutuksessa. Yhteisin ajatuksin ja opein eri tieteenaloilta he pystyvät ratkomaan meille tärkeitä ongelmia ja kehittämään omaa tieteenalaansa. Jokaisella tutkimusalueella, ja jopa tutkimusryhmällä, on omat intressinsä oikeutetusti, mutta meidän tulee nähdä akuuttien tarpeiden taakse. Pitemmällä aikajänteellä parempi hyöty saadaan miettimällä yhteisesti koko alueen kehittämistä, huomioiden niin data- kuin tilastotieteenkin mahdollisuudet. Molempien kehittyminen ja optimaalinen soveltaminen tukee tutkimusta laajasti ja luo osaltaan edellytyksiä avoimen tieteen etenemiselle.

Jukka Jurvelin
dekaani, luonnontieteiden ja metsätieteiden tiedekunta

EUROOPAN NUORET TUTKIMUSYLIOPISTOT YHDISTÄVÄT VOIMIAAN

Korkeatasoinen suomalainen tutkimus on aina ollut kansainvälistä. Kansainvälinen tunnettuus ja vetovoima ovat keskeisiä tavoitteita myös UEF-strategiassa. Yliopistomaailmassa on yleisesti hyväksytty käytäntö ja kokemus siitä, että tutkijat löytävät ja rakentavat parhaat kansainväliset kumppanuutensa itse. Yliopiston roolina on toimia kansainvälisyyden mahdollistajana. Yksi mahdollistamisen muoto on tunnistaa toiminnaltaan ja tavoitteiltaan samanhenkisiä yliopistokumppaneita.

Kahdeksantoista nuorta eurooppalaista tutkimusyliopistoa kahdestatoista maasta muodostivat vuonna 2015 YERUN-verkoston (Young European Research Universities) kehittämään ja vahvistamaan keskinäistä yhteistyötä tutkimuksessa, koulutuksessa ja yhteiskunnallisessa vaikuttavuudessa. Jäsenyysehdot ovat vaativat. Yliopiston on pitänyt sijoittua 50 parhaan nuoren yliopiston joukkoon QS World University Ranking listalla tai 100 parhaan joukkoon Times Higher Education rankingissä ainakin yhtenä vuonna ennen 50 vuoden ikään tuloa. UEF on mukana kovassa seurassa.

YERUNissa on muodostunut vahva yhteisymmärrys siitä, että yliopistolle nuoruus merkitsee rohkeutta ja dynaamisuutta. Tämä yhdistettynä jo annettuihin näyttöihin tieteen saralla luo verkostolle edellytykset luoda omintakeinen profiili eurooppalaisen tieteen edistäjänä. Tavoitteina on tulla vahvaksi EU:n tutkimuspolitiikan vaikuttajaksi, edistää vaikuttavaa tutkimusyhteistyötä, kehittää yhteisiä (tutkinto)ohjelmia, edistää opiskelijoiden ja henkilöstön liikkuvuutta ja jakaa hyviä käytäntöjä.

UEF on alusta pitäen vaikuttanut aktiivisesti verkoston kehittymiseen. Saimme ajettua läpi (rohkean!) ajatuksen, että YERUNin kannattaa keskittyä temaattisen yhteistyön edistämiseen, samoin kuin vaikuttaa teema-alueiden tunnistamiseen. YERUN-tutkimuksen teemat ovat terveys ja ikääntyminen, big data, muuttoliike sekä STEM (science, technology, engineering and mathematics). Teemoilla on vahva kytkentä UEFin  globaalihaasteisiin. Esimerkiksi STEM on vahvasti sukua LUMA-toimintamme tavoitteille.

Verkostoa johtava yliopistojen rehtoreista/vararehtoreista koostuva yleiskokous tapaa kaksi kertaa vuodessa ja on keskittynyt strategisten periaatteiden määrittämiseen. Nyt on aika saada tutkijat ja opettajat mukaan toimintaan. Tutkijaliikkuvuuden tukemiseksi ja yhteisten tutkimushankkeiden valmisteluun perustettiin YERUN Research Mobility Fund, joka tullaan lanseeraamaan pian. UEFin väen kannattaa olla aktiivinen alusta pitäen. Esimerkiksi omia tutkimusryhmiä kokoaville tenure track -tutkijoille tilaisuus on erityisen otollinen katsastaa kovan luokan kumppaneita verkostosta.

Koulutuksen puolella edistetään opiskelijaliikkuvuutta (ERASMUS+) sekä kehitetään yhteisiä tutkinto-ohjelmia. UEFille avautuu mahdollisuus kehittää englanninkielisistä maisteriohjelmista entistä vetovoimaisempia ja laadukkaampia yhteistyössä laadukkaiden kumppanien kanssa. Samalla opiskelijarekrytointipohja laajenee ja tutkintojen työelämärelevanssi kasvavat.

Yerunissa UEFin kumppanit ovat Espanjasta (Madridin ja Barcelonan autonomiset yliopistot, Carlos III Madridista sekä Pompeo Fabra), Saksasta (Bremen, Konstanz ja Ulm), UK:sta (Brunel ja Essex), Antwerpen Belgiasta, Syddansk Tanskasta, Paris Dauphine Ranskasta, Dublin Irlannista, Rome Tor Vergata Italiasta, Maastricht Hollannista, Nova de Lisboa Portugalista sekä Linköping Ruotsista. Tieteellisen ja koulutuksellisen annin lisäksi verkoston laajuus tarjoaa monia muitakin mahdollisuuksia ja arjen elämyksiä. Esimerkiksi Madridin keskustassa on hieno kohtaamispaikka aivan Plaza Mayorin aukion kupeessa. Mercado de San Miguel on vanha rautaraaminen kauppahalli, jossa seisaaltaan voi pistätyä nauttimaan pöyristyttävän laajasta tapasvalikoimasta sangrian kera ja ajautua keskustelemaan esimerkiksi Real Madridin näkymistä UEFAn Champions liigassa. Voisi kuvitella, että myös UEFin tutkijat ja vaihto-opiskelijat nauttisivat Mercado de San Miguelin ainutlaatuisesta tunnelmasta työpäivän päälle Carlos III tai Autonomisen yliopiston kollegojen seurassa!

Jaakko Puhakka
akateeminen rehtori

 

Terveyden tietomassojen äärellä

Big data on suurten kasvavien tietomassojen keräämistä, säilyttämistä, hallintaa, louhintaa, yhdistelemistä, jakamista  ja analysoimista tietotekniikkaa ja tilastotiedettä hyödyntäen. Terveyden alalla Big datan analysoimiseen on kohdistunut suuria toiveita löytää uusia sairauksien riskitekijöitä, riskigeenejä, biologisia merkkiaineita, tautimekanismeihin liittyviä aineenvaihduntatuotteita, lääkevaikutuksia ja lääkkeiden haittavaikutuksia, jotka pienemmissä aineistoissa ovat jääneet huomaamatta.

Tietoa on kerätty perinteisesti kohorttitutkimuksissa ja  kliinisissä interventiotutkimuksissa. Isojen tietomäärien hallinta ja eri kohorttien yhdistäminen ei ole ihan ongelmatonta. Tutkimusasetelma  ja kerätty tieto vaihtelee tutkimuksesta toiseen. Tietoa pitää yhdenmukaistaa. Tiedon kerääminen sairauskertomuksista on vielä alkutekijöissään,  mutta tulee edistymään nopeasti sähköisten järjestelmien kehittymisen myötä.

Biopankkitoiminta on alkanut vauhdilla Suomessa uuden biopankkilain tultua voimaan. Biopankissa yhdistyvät tutkittavien näytteet kliiniseen tietoon. On tärkeää, että Suomen biopankkitoimintaan tulee yhtenäinen tietojärjestelmä ja käytänteet.

Konkreettisia onnistumisia Big datan käytöstä on tullut mm. genetiikan alueella. Tutkijat ovat muodostaneet isoja konsortioita ja yhdistäneet tutkimuskohortteja ja siten tapausten ja verrokkien määrä on noussut jopa kymmeniin tuhansiin.  Analyyseissä on löydetty mm. harvinaisia geenivariantteja, joiden yhteyttä sairauteen ei ole voitu löytää ja vahvistaa pienissä aineistoissa.  Isoissa verkostoissa on voitu hyödyntää myös huippuyliopistojen ja tutkimuslaitosten infrastruktuureja ja osaamista.

Terveyden alalta kertyvä data on monitieteistä. Tiedon tuottamiseen tarvitaan mm. lääkäreitä, hoitajia, psykologeja, ravitsemustieteilijöitä, farmasian asiantuntijoita, kemistejä, fyysikoita, geneetikkoja, biologeja  ja taloustieteilijöitä.

Big datan hallintaan ja analytiikkaan tarvitaan osaamista ja osaajia.  Bioinformatiikka on yksi Terveystieteiden tiedekunnan nousevia tutkimusalueita, johon olemme kohdentaneet strategista tukea.

Hilkka Soininen (2)Hilkka Soininen
dekaani, terveystieteiden tiedekunta